Questanno si celebrerà il 100° anniversario del Museo, istituito appunto nel 1906: anniversario che coincide anche con lanno della cultura ebraica che vuole ricordare il contributo degli ebrei di quel paese alla vita culturale ceca e che vennero decimati durante la guerra.
Esso ospita la più grande raccolta al mondo di materiale ebraico boemo e moravo e consta di vari edifici che sorgono in quella che era larea del ghetto di Josefov. Il progetto venne minacciato dallinvasione nazista quando tutta la zona fu ghettizzata, ma per un curioso destino furono proprio i nazisti a salvaguardarlo. Si tratta di uno di quei misteri di guerra che trova una spiegazione nel fatto che i tedeschi intendessero creare nella Praga post-bellica un Museo della razza estinta, e questo spiegherebbe la raccolta di una così immensa quantità di oggetti e libri ebraici. Di questo programma però non resta traccia alcuna nei documenti tedeschi. E daltronde i tedeschi non ne avrebbero parlato così apertamente già nel 1942.
Scrive il settimanale praghese Tyden che i tedeschi fecero trasportare a Praga, dove era allestito il Museo Centrale Ebraico, tutti i manufatti e gli oggetti artistici dalle comunità ebraiche cecoslovacche distrutte nel corso delloccupazione insieme con le proprietà degli ebrei deportati. Un gruppo di esperti di musei lavorò allora per classificare accuratamente le raccolte e per registrare tutti gli oggetti di valore.
Sul sito web del museo si dice invece che fu la comunità ebraica praghese a iniziare lattività di raccolta del materiale, con la catalogazione degli oggetti di valore abbandonati provenienti dalle località ebraiche distrutte, e che i gerarchi nazisti per ragioni ignote consentirono che il museo procedesse a ordinare tutti le testimonianze superstiti della cultura ebraica.
E improbabile daltra parte che il museo potesse servire a scopi propagandistici di fronte al resto del mondo, per sbandierare il rispetto che i nazisti portavano per gli ebrei, dato che si trattava di un museo segreto, che ufficialmente non esisteva e nessuno lo decantava in pubblico.
Fatto sta comunque che le sue collezioni raggiunsero paradossalmente la massima ricchezza durante la guerra, negli anni 1942-44. Il Museo poteva offrire la più grande esposizione di oggetti, opere darte, libri e documenti darchivio: se nel 1939 gli oggetti esposti erano 900, nel 1945 il loro numero ammontava a ben 213 096.
A fine guerra il museo ritornò in mani ceche e solo 12 anni fa venne restituito alla comunità ebraica praghese e alla Federazione delle comunità ebraiche della repubblica ceca, che ora gestiscono la maggior parte dei siti ebraici con leccezione della Antica-Nuova sinagoga del 13° secolo.